ボス・ベイビーは、パパとママの前では、かわいい赤ちゃん。 ところが、お兄ちゃんのティムと二人になったとたん、 おじさん言葉を話し、「ベイビー株式会社」に出勤する！ 仕事は、「赤ちゃんが愛される社会」を実現すること。 赤ちゃんを人気No.1にするためバリバリ働くのだが、 その人気をおびやかす様々なトラブルに見舞われる。 ボス・ベイビーは、ティムや個性的な赤ちゃん部下たちとともに問題解決に向けて大奮闘！ はたして、赤ちゃんたちは人気No.1の座を取り戻すことができるのか？