星歴４０８８年―「星系危機」により住む星を失い、スペースコロニーで暮らす人類の最後の希望・惑星ＺＩＯＮ（シオン）は、「ヴィクティム」という謎の生物群に狙われていた。 人類は対ヴィクティム用の巨大人型兵器「イングリット（通称：女神）」を５体製造するが、特殊な条件を満たした者しかその機体を操ることは出来なかった。 そこで女神パイロットを養成する機関「Ｇ・Ｏ・Ａ」が設立され、そこの生徒はいつしか「女神候補生」と呼ばれるようになっていた。 　星暦５０３０年―女神パイロットを目指す少年ゼロ、クレイ、ヒイードの３人がＧ・Ｏ・Ａに入学した。物語はここから始まる……。