ごく普通の中学生のはずであった藤宮紅葉は、奇稲田一族の末裔であり、自らが人柱になることによって「荒神」（あらがみ）と呼ばれる謎の怪物を封印する力を持っていた。紅葉を襲う荒神の出現と彼女を守る草薙護の存在。人柱という運命に迷いながらも紅葉は「国土管理室」のメンバーとなって荒神と闘う決意をする。