16世紀、マゼラン隊の世界一周から10年後。スペインのバルセロナで育った少年エステバンは、10年前に彼を難破船から救った航海士メンドーサの誘いで、その時行方不明になった父の手掛かりでもある黄金都市を探しに新大陸（現・中南米）へ旅立つ。自分と同じペンダントを持つインカの少女シアやムー大陸文明の英知を受け継ぐ少年タオと出会い、共に旅を続けるが、彼らは黄金を狙って先住民を蹂躙するスペイン人や、黄金都市の真の宝であるムーの「大いなる遺産」を狙うオルメカ人の陰謀と闘うことになる。