2059年、地球はエイリアンの襲来で多大な被害を受けた。人類は軍隊を再編し、対エイリアン特殊部隊「フューネラル」を組織する。大学生のタクト・カネシロは、あるきっかけで恋人マキ・アガタが師事するアーネスト・ノグチ教授のエイリアンの死体をつなぎ合わせた実験複合体フランクの蘇生実験に立ち会うことになる。実験によってフランクは蘇生したが、施設を破壊して逃亡。マキやノグチ教授は死亡し、タクトも重傷を負った。 逃亡したフランクはある森でハリエットという少女と出会い、その場に襲来したエイリアンから彼女を守る。フューネラルに捕獲されたフランクとともに、ハリエットはフューネラルの管理下に置かれることとなる。 恋人マキを失い、自らも重傷を負ったタクトの前にある男が現れ、復讐か忘却か選択を与える。愛する者を奪った者への憎しみから復讐を選択したタクトは、それまでの自分を捨て、リウ・ソーマという新たな名を得てフューネラルに配属される。