天真爛漫で好奇心旺盛な少年ゴンは、“ハンター”への道を歩むことを決意し、故郷のくじら島を後にした。ハンターとは、この世のありとあらゆる未知なる物への探求を生業としているスペシャリストで、そのライセンスを得るためには超難関とされる試験をパスしなければならない。偉大なハンターと称された、今は行方不明の父・ジンの背中を追うように、試験にチャレンジするゴン。ゴンは、共に試験に挑戦するクラピカ、レオリオ、キルアといった個性的な仲間を得る一方、強敵ヒソカに巡り合うのだった。