フィニアスとファーブの義兄弟の2人は夏休みを楽しむために、色々な遊びや疑問の解決、冒険をしようとタイムマシンや潜水艦などの発明品を作る。しかしフィニアスの姉キャンディスはそれを人騒がせなイタズラと思い込んでいて、母リンダに告げ口しようとする。しかし両親はフィニアスとファーブが発明品を使用している際いつも外出しており、キャンディスが電話で告げ口しようとしても、実際に見たことが無いため信じない。物語終盤の両親が帰宅する頃には、後述のペリーとドゥーフェンシュマーツの戦闘の影響や、偶然の重なりで毎回それらの発明品は跡形もなく消えてしまう。 さらに、フィニアスとファーブのペットであるカモノハシペリーは、実はエージェントPというエージェントであり、ドゥーフェンシュマーツ博士の悪事を阻止するエピソードが同時進行で進む。ペリーがエージェントだということはフィニアスやキャンディスをはじめ家族の誰も知らず、普段は何もしないただのカモノハシだと思っている。 また、ほとんどのエピソードでミュージカルシーンがあり、このアニメの特徴の一つとなっている。