이야기는 에도 막부 말기, 분큐 3년(1863년)에 시작된다. 주인공·유키무라 치즈루는 에도 태생의 난학 의사의 딸. 아버지·코도는 교토에서 일을 하고 있기에 떨어져 생활을 하고 있었다. 어느날 아버지와 연락이 닿지 않아 걱정으로 된 치즈루는, 남장을 하고 교토로 향한다. 그곳에서 치즈루는 어떤 충격적인 장면을 보게되고, 신선조와 만나면서 아버지의 행방을 함께 찾게 된다. 신선조 대원들 사이에 일어나는 사건과, 자신의 출생을 둘러싼 비밀과 엇갈린 신선조의 숨겨진 비밀. 혼돈의 에도막부 말기를 살아가는 남자들의 투쟁이 전개된다.