카나메 마도카는 시립 미타키하라 중학교에 다니고 있는 평범한 중학교 2학년 소녀. 사랑하는 가족들이 있고, 소중한 친구들이 있고, 때로는 울고 때로는 웃으며 그렇게 평범하고 따스한 하루 하루를 보냈지만, 어느 한 순간 마도카의 일상은 무너져 내린다. 우연히 구해 준 큐베에게 마법소녀로 선택을 받게 된 것이다. 무엇이든 원하는 소원 한 가지를 들어주는 대신 정체를 알 수 없는 존재 '마녀'와 목숨을 걸고 싸워야 하는 마법소녀. 목숨을 내던져서라도 지키고 싶은 무언가를 발견하고 또 이를 지켜내기 위해 소녀들은 싸움을 시작하는데...