『나쁜 것은 퍼즐들이 아니다. 배신하는 것은 언제나 인간. 퍼즐들이 나를 풀어달라고 말하고 있다!』 영국에 살던 퍼즐을 좋아하는 고등학교 1학년 카이토는 사립 루트 학원 고등학교에 진학하게 된다. 카이토는 ‘현자의 퍼즐’에 도전하여 학생들로부터 아인슈타인이라 불리게 되었다. 퍼즐 배틀에 참여하는 일상을 보내던 어느 날, 학교 근처에서 풀리지 않는 퍼즐 ‘현자의 퍼즐’을 발견한다. 그 퍼즐은 POG라는 비밀단체가 만든 목숨을 위협하는 퍼즐이었다. 풀리지 않을 줄 알았으나 퍼즐을 풀고만 카이토는 ‘솔버’에 등극하며, 다른 솔버들과 함께 POG에 맞서 대결을 펼친다.