어릴 적 어머니를 잃은 중학생 소년 ‘카즈야’는 어느 날 학교 옥상에서 요괴의 습격을 받게 되고, 절체절명의 순간에 어머니의 유품으로부터 ‘키리하’란 소녀가 나타나 그를 구해준다. 이후 카즈야는 토지신 쿠쿠리로부터 자신이 요괴를 불러들이는 특이체질이란 사실을 듣게 되고, 결국 그는 키리하와 파트너가 되어 학교와 마을에서 일어나기 시작한 요괴 사건들을 해결해가야만 하는 처지에 빠진다.