제3차 성배전쟁 때 후유키에서 없어진 대성배 "제726호 성배"가 루마니아에서 발견 된 것에서부터 이야기는 시작된다. 대성배를 빼앗고, 은닉하고 있었던 위그드밀레니아가는 그 성배를 심볼로 내걸고 마술협회에서 이반을 선언한다. 그것을 토벌하기 위해서 파견 된 마술협회 부대는 위그드밀레니아의 서번트에게 괴멸당하지만, 마지막으로 살아남은 자가 대성배의 예비 시스템을 기동하는 것에 성공. 이것으로 인해서 본래의 7개체에다가 또 7개체, 총 14개체의 서번트를 소환할 수 있게 되었다. 위그드밀레니아의 7개체의 서번트에 대항하기 위해서 마술협회 측의 마술사도 또 서번트를 소환한다. 이렇게 해서 대성배를 둘러싼 위그드밀레니아가의 마술사들인 "흑"의 진영과 위그드밀레니아가의 토벌을 위해서 마술협회에 고용 된 마술사의 모임인 "적"의 진영, 두 개의 세력이 격돌하는 무대가 된 마을, 투리파스에서 7대 7의 "성배대전"이 개최된다.