츠츠지다이에 사는 고등학교 1 학년인 히비키 유타는, 어느 날 눈을 뜨니 기억 상실이 되어 있었다. 그리고 유타는 낡은 PC에 비치는 '하이퍼 에이전트·그리드맨'과 만난다. 그리드맨은 사명을 다하라고 말했고, 유타는 그 말의 의미와 기억을 찾기 시작한다. 갑작스런 일에 당황하면서도, 클래스메이트인 우츠미 쇼나 타카라다 릿카, 신죠 아카네의 도움을 받으면서 하루하루를 보내는 유타였다. 그 평온한 날들은, 돌연 나타난 괴수에 의해서 용이하게 짓밟혔다--.