서기 2000년. 남극에 거대한 운석이 추락. 유사 이래 미증유의 재난 ‘세컨드 임팩트’가 일어난다. 해수면의 상승, 천재지변, 경제붕괴, 민족 분쟁, 내란…. 세계 인구는 반으로 격감된다. 그 후 15년, 지구가 겨우 회복의 기미를 보이기 시작할 무렵 인류에겐 또 다른 위기가 닥쳐온다. 그것은 바로 ‘사도(使徒)’였다. 하나씩 모습을 드러내는 정체불명의 거대전투병기군단. 과연 그들은 ‘신의 사자’인가…? 예언되었던 사도의 출현에 대항하기 위해 인류는 전천후 생체 전투병기‘에반게리온’을 개발, 2015년에는 3대의 에반게리온을 실용화한다. 파일럿으론 ‘3명의 소년과 소녀’가 선정된다. 어른들은 그들에게 미래의 희망을 걸었던 것이다. 그 작은 어깨에 인류의 존망이라는 무거운 운명을 짊어진 소년 소녀들의 전투가 지금 시작된다.