남극 상공에 거대한 정체불명의 기둥이 나타난다. 그 기둥은 미지의 적 쟘이 지구 침략을 위해 만든 초공간통로였다. 이에 지구방위기구는 쟘을 그 통로 저 건너편에 있는 페어리라는 행성에 가두기 위해 FAF(Fairy Air Force)를 설립하고, 마침내 그 임무를 완수한다. 그러나 그런 일이 있은지 30년이 지난 지금도 인류와 쟘간의 전쟁은 끝이 나지 않았다. 한편, 염세주의적인 가치관을 가지고 있는 후카이 레이는 절대로 감정에 좌지우지되는 일이 없는 냉철한 인물이다. 그는 오로지 탑승하고 있는 슈퍼 전투기 실피드 퍼스널 네임 유키카제만을 믿고 있는 고독한 성격의 소유자이다. 그러던 어느날 임무를 마치고 귀환하는 중에 유키카제는 소속불명의 한 전투기로부터 공격을 받는다. 유키카제는 그 전투기를 쟘이라고 인식하고, 파일럿인 후카이 레이는 그 전투기가 아군인 FAF의 슈퍼실프랑 완전히 똑같다는 것을 알면서도 주저없이 격추해버린다.