지하철 선로에 떨어진 부랑자를 구하려 뛰어든 고교생 카토 마사루와 그의 구조 요청에 마지못해 거들게 된 쿠로노 케이는 그만 역에 진입하는 지하철에 깔리고 만다. 그러나 이 죽음의 순간 간츠라는 정체불명의 검은 구체에 의해 이상한 공간으로 소환된 이들은 당황해한다. 그런 그들에게 "너희들의 목숨은 이미 끝났으니, 새로운 목숨을 어떻게 쓸지는 내 마음이다"라고 빈정거리듯 말하는 간츠. 또한 그들 외에도 그 이상한 방에 소환된 여러 다른 사람들은 파 성인을 죽이라는 괴상한 지령을 하달받는다. 몰래 카메라인건지 가상 현실의 게임인지조차 모호한채 또 다시 현실 세계로 내몰린 이들은 간츠가 부여한 특수복의 위력을 통해 그야말로 막강한 전사가 되는 짜릿한 체험을 하게 된다. 그저 시키는대로 하다보니 피와 살륙으로 점철된 수라도를 걷게 되는 쿠로노 케이와 카토 마사루. 이 경험을 통해 흥분을 경험한 케이는 일상이 따분하게 느껴지지만, 동생을 돌봐야 한다는 생각을 가진 카토에겐 간츠가 내리는 지령과 그로 인해 벌어지는 학살이 지옥의 악몽과도 같을 뿐이었는데...