공모전에 출품할 조각상을 만든 미술부 소속의 소년 미쿠리야 진. 그러나 신목으로 만든 정령상이 갑자기 여자아이로 변하여 움직이고 말을 하기 시작한다. 자신을 이 땅을 관장하는 '우부스나 신(神)'이라 소개한 소녀 나기는 진으로부터 신목을 베어냈다는 이야기를 듣고 경악한다. 그 신목은 이 땅의 '부정'한 기운을 억눌러 토지를 풍요롭게 하고 사람들의 평안을 지켜온 나무였기에, 신목을 베어버리면 땅의 안위와 신인 자신마저 '부정'으로부터 헤어나기 어렵다는 것이었다. 하지만 어릴적부터 영감이 강했던 소년 진에게는 벌레 모양의 '부정'을 물리칠 수 있는 능력이 있었고, 이를 알게된 나기는 아무일도 없었다는 듯이 자연스럽게 진의 신세를 지기에 이른다. 자기 멋대로 행동하는 나기에게 이리저리 휘둘리는 진, 그리고 진과 나기를 둘러싼 개성이 넘치는 미술부 부원들까지 더해져 매일매일 소동이 끊이지 않는데...