Film zaczyna się spokojnie w nowojorskim ZOO, gdzie mieszkają troche zwariowane zwierzęta: Lew, Zebra, Żyrafa, Hipopotamica, Małpy, Pingwiny. Główni bohaterowie mają charakterystyczne cechy, które przejawiają się w ciągu całego filmu: Lew (Alex) - egoista, Zebra (Marty) - chęć podróżowania, Hipopotamica (Gloria) - matczyne odruchy, Żyrafa (Melman) - hipochondryk. W ZOO mają wszystkiego pod dostatkiem, a nawet więcej. Marty jednak ma dość nudy i pewnej nocy ucieka z ZOO, jego przyjaciele podążają za nim i dopadają go na Dworcu centralnym. Tam łapią ich służby porządkowe, po tym wybryku zwierzęta z ZOO wysłane są do Afryki, lecz pingwiny przejmują statek i gubią skrzynie z naszymi bohaterami. Ci docierają do wyspy Madagaskar. Spotykają tam szalone i roztańczone Lemury i uczą się żyć w dziczy gdzie nie wszystko jest takie proste, jak mogło się wydawać... U niektórych zaczynają przejawiać się pierwotne instynkty. Spotykają ich tam rózne, ciekawe perypetie...