Kaito Kuroba é um estudante adolescente comum, cujo pai é muitas vezes ausente. Quando seu pai morre em circunstâncias misteriosas, ele descobre a identidade secreta de seu pai: um famoso criminoso internacional conhecido como Criminoso Internacional 1412: o Ladrão Fantasma, e que ele foi assassinado por uma misteriosa organização por se recusar a ajudá-los a recuperar a "Gema Pandora", uma pedra mística que caiu durante a passagem de um cometa (muitas vezes chamado de "Volley Comet"), cujo consumo confere a imortalidade. Ele promete impedir a organização de ganhar imortalidade, assume a identidade de seu pai e começa sua busca pelo tesouro.