No Japão, no ano 2035, um acidente conhecido como a "Explosão" ocorre durante a pesquisa de um projeto, liberando uma forma de vida artificial e sem controle chamada "Matter", que se espalhou pelo Kurobe Gorge. A cidade da pesquisa, que fora outrora aclamada como a esperança para a humanidade, é isolada pelo governo. Dois anos depois, Aiko Tachibana, de 15 anos, que perdeu sua família na Explosão, aprende algo inacreditável com Yuya Kanzaki, um novo estudante em sua escola. Um segredo está escondido em seu corpo e a resposta para este enigma está no "Ponto Primário", o centro da Explosão.