A história trabalha com muitos símbolos. No futuro a sociedade humana começa a estagnar e tenta procurar soluções para sua existência. Existe a lenda de um Paraíso que ainda guardaria boas condições de vida, mas este Paraíso só estará ao alcance dos Lobos, que se encontram extintos há mais de 200 anos. As tensões desenvolvem-se com os Lobos, que na verdade não estão extintos, mas que se disfarçam de humanos para continuarem a busca pelo Paraíso sem serem incomodados. A sua relação com os humanos fica mais próxima quando eles criam Cheza, a Filha da Lua, uma humana criada artificialmente através de uma Flor, a Flor da Lua. Por meio de todos esses símbolos tão sensíveis e de um cenário de apatia futurística, Wolf's Rain aborda as questões de perseverança e fé de uma forma tão bonita quanto vários outros animes.