Um estudante de arte chamado Jin Mikuriya utiliza a madeira da árvore sagrada Kannagi para fazer uma escultura que ele levaria para a feira de sua escola. Porém, numa bela manhã, a estatueta transforma-se numa linda e misteriosa garota chamada Nagi. A tal garota afirma que é a reencarnação de uma deusa responsável pela cidade de Kannagi e que é seu dever livrar a cidade das "impurezas".