O nome do protagonista é Marcus Damon (Daimon Masaru no original), um estudante de 14 anos do segundo ano colegial, invicto em batalhas. Embora falte habilidade com computadores e tecnologia, seu pai é a autoridade principal no "Mundo Digital" em pesquisa. Marcus encontra o digimon Agumon, que escapou de DATS (Análise Digital e Esquadra de Prova), uma organização secreta do governo. Apesar de terríveis primeiras impressões, os dois tornam-se melhores amigos. Com os outros membros do DATS, o trabalho de Marcus e Agumon é investigar vários incidentes envolvendo os Digimons no mundo real. Acompanhe Marcus nessa nova jornada onde agora os humanos ameaçam o Mundo Digital.