Leonardo, Donatello, Raphael e Michelangelo descobrem novos poderes e enfrentam um mundo místico que ainda não sabiam que existia sob as ruas de Nova Iorque. Com novas aventuras, aproveitam para aperfeiçoar as suas técnicas, enquanto lutam contra mutantes e vilões de diversas formas. Assim, os irmãos vão aprender a trabalhar em conjunto e a desafiar os perigos que vêm pela frente, tornando-se uma grande equipa de heróis.