Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело являются четырьмя черепахами-мутантами, которые, в отличие от остальных экранизаций черепах, не будут братьями. А также Леонардо и Рафаэль поменялись характерами. Они отправляются в приключения, где начинают «использование мистических сил ниндзя, которых они никогда не знали», но в то время «учиться» работать вместе и ориентироваться в опасности современной эпохи и скрываться, чтобы выполнить свою судьбу, чтобы стать командой героев.