Kaptan Tsubasa, düşünceleri ve hayalleri neredeyse tamamen futbol aşkı etrafında dönen bir ilkokul öğrencisinin tutkulu bir hikayesi. 11 yaşındaki Tsubasa Oozora çok genç yaşta futbol oynamaya başladı. Arkadaşları için eğlence amaçlı bir sporken, onun için bir tutku haline geldi. Hayallerini gerçekleştirmek için Tsubasa annesiyle mükemmel ilkokul futbol takımlarıyla tanınan Nankatsu şehrine taşınır. Ancak eski kentinde kolayca en iyisi olmasına rağmen, Nankatsu'nun daha güçlü rakipleri vardır ve bu yeni rakiplerden sıyrılmak için tüm yetenek ve yeteneklerine ihtiyacı olacaktır. Sadece rakipleriyle değil, aynı zamanda Tsubasa ile aynı tutkuyu paylaşan güzel kız Sanae Nakazawa ve yetenekli kaleci Genzo Wakabayashi gibi yeni arkadaşlarıyla da karşılaşır ve onların da ortak hayallerine doğru ilerlemesine yardım eden değerli bir arkadaş olduğunu kanıtlar. Japonya'yı FIFA Dünya Kupası'nda temsil etmek, Tsubasa’nın en büyük hayalidir, ancak ona ulaşmak için yetenekten çok daha fazlası gerekir.