Nach einer ruhigen Phase, die Vereinigten Staaten liegen teils noch in Trümmern, macht sich eine Gruppe um Nova auf, die Ursache der Sharknados zu finden. Dabei wird, mit Stonehenge als Ursprung, ein neuer noch gigantischerer Sharknado freigesetzt, der die ganze Welt in Gefahr bringt. Darüber hinaus gerät Gil, jüngster Sohn von Fin Shepard und seiner bionischen Frau April, in den Wirbelsturm, worauf eine wilde Verfolgungsjagd über Kontinente hinweg beginnt, um den Jungen zu befreien.