Im Jahre 2115 ist das Land, das als Japan bekannt war, in zwei Parallelwelten aufgeteilt worden: Der Frontier S (Stratos) und der 17. Fernöstliche Imperiale Stadtverwaltungsbezirk. Frontier S ist ein gesetzloses Universum, in dem Freiheit herrscht. Der 17. Stadtverwaltungsbezirk ist ein totalitäres Universum, in dem es keine Freiheiten gibt und alles unter ständiger Beobachtung steht. Als die zwei Welten anfingen zu verschmelzen, starteten die Regierungen der beiden Welten die Operation Startos, ein weltweiter Plan, bei dem ausgewählte Gruppen von Schützen, Söldnern und speziellen Individuen aus beiden Welten ins Jahr 2015 geschickt werden, um die Vergangenheit zu ändern, indem sie die jeweils andere Seite vernichten, bis am Ende nur noch eine Gruppe übrig bleibt. Die Geschichte selbst handelt von einer Gruppe von Schützen, beide jeweils von einer der beiden Welten, die bei der Operation Stratos teilnehmen. Hauptsächlich geht es hierbei um eine Gruppe aus vier Kindheitsfreunden: Tooru Kazasumi, Kyouka Katagiri, Kyouma Katagiri und Shizune Rindou, die alle ihre eigenen Schwächen und Unterschiede überwinden müssen, um den Kampf gegen ihr Alter Ego gewinnen zu können.