Die Handlung spielt 10 Jahre nach Yugi Muto und seinen Freunden. Das Karten Spiel Duel Monsters ist noch bekannter und beliebter. Jaden Yuki, der Held der Story, möchte auf die Duellakademie, die von Seto Kaiba gegründet worden ist, um noch besser zu werden und verspricht sich eine glänzende Zukunft dadurch. Im Zeitdruck und voller Eile trifft er auf Yugi, der ihm eine Duel Monsters Karte schenkt. In seiner Aufnahmeprüfung an die Akademie kommt auch diese Karte von Yugi gleich zum Einsatz, wodurch er auch sein Duell gewinnt. Durch seinen Sieg gegen Dr. Cowler, der mit unfairen Mitteln kämpft, wird er auch an der Akademie angenommen. An der Akademie gibt es 3 verschiedene Unterkunftshäuser Slifer (Rot), Ra (Gelb) und Obilisk (Blau). Je nach Stärke der Spieler und wie gut sie an den Prüfungen abgeschnitten haben, werden sie den Häusern unterteilt. Rot sind die schwächsten, die "loser", die es gerade so geschafft haben und die blauen sind die stärksten, die eine super Zukunft vor sich haben. Doch ein friedliches Miteinander ist kaum möglich... Zudem ist ihm auch der Vorsitzende des Komitees Dr. Vellian Crowler, durch seinen Sieg gegen ihn, nicht freundlich gesinnt. Doch Jaden ist nicht alleine, mit seinem Freund Syrus und seinen Monstern besteht er so manches Abenteuer.