El Fantasma del Espacio, Frankenstein Jr. y los Herculoides son algunos de los aclamados protagonistas del mundo del cómic que acompañan a Scooby-Doo y a Shaggy en el estreno de la película protagonizada por sus superhéroes favoritos: Halcón Azul (Fabulman) y Dinamita, el Perro Maravilla. Por eso, cuando aparece el misterioso villano Mister Hyde para arruinar la fiesta con sus murciélagos, perros aulladores y todo tipo de estrategias, será el momento de Misterios S.A., para investigar las pistas y cazar a los monstruos que están causando pánico entre la gente. Además, el inseparable equipo de Shaggy y Scooby-Doo tendrá que sacar a sus superhéroes interiores para evitar que todo sea cubierto por una horrible y pegajosa masa verde.