10 años pasaron desde el final de Yu-Gi-Oh!, la Corp. Kaiba es dueña de una de la varias Academias de Duelo que se encuentran alrrededor del mundo. En este instituto se entrenan a los futuros Duelistas Profecionales. Hay 3 dormitorios donde se alojan los estudiantes; -Obelisko Azul, para la elite, la crema de la crema, los mejores -Ra Amarillo, donde son colocados aquellas futuras promesas debido a sus altas calificaciones -slifer/OSIRIS Rojo, donde van a parar todos aquellos que apenas si pasaron el examen de ingreso :p nuestro ¿heroe? es Jaden Yuki (YukiJudai) del dormitorio rojo. Un chico con un institno natural para los duelos pero poca paciencia para estrategias muy complejas que es capaz de ver los espiritus de monstruos de duelos, como Kuriboh Alado.