Mikan Sakura creció con su abuelo en el campo de Japón. Cuando su mejor amiga, Hotaru, se traslada a una escuela prestigiosa en Tokio, Mikan la sigue. La escuela es en realidad una Academia de élite para personas dotadas con "Alices", una habilidad que es única dependiendo del ser individual. Una vez que Mikan llega a las puertas de la escuela, se encuentra con una maestra de Alice llamada Narumi, se inscribe debido a una serie de eventos y se le dice que posee una Alice rara. A pesar de su visión inicial de la supuesta grandeza de la escuela, Mikan descubre lentamente que debajo de la gran fachada de la Academia, hay un torrente interminable de mentiras y secretos enterrados. Las acciones cada vez más manipuladoras y siniestras de la escuela hacia ella lo convierten en un lugar peligroso para estar. Mikan no sabe muy bien que su inscripción en la Academia Alice puso los engranajes en movimiento a una tragedia aún mayor