Quelques mois ont passé depuis le final de Ben 10: Alien Force. Ben, maintenant âgé de 16 ans, poursuit sa carrière de héros avec l'Ultimatrix, une nouvelle version améliorée de l'Omnitrix. Cependant, un jeune fan de lui découvre son identité et la rend publique. Bien qu'il gagne sans trop de problème la confiance des enfants et de ses camarades de classe, il doit aussi faire face à la méfiance et l'hostilité ouverte de plusieurs adultes, y compris dans les médias, qui le voient comme une menace. En parallèle, cinq extra-terrestres ne figurant pas dans l'Omnitrix arrivent accidentellement sur Terre, pourchassés par un mystérieux personnage nommé Aggregor...