Ambientata ai giorni nostri, la storia parla di Miharu Rokujou, uno studente apatico che desidera soltanto vivere una normale vita ed ereditare il ristorante di Okonomiyaki di sua nonna. All'inizio il suo più grande problema è la costante e pressante richiesta del compagno Kouichi Aizawa e del professore Durandal Tohbari Kumohira di entrare come membro del club di Nindō (lett. "Via del Ninja"). Miharu non vuole avere nulla a che fare coi presunti "ninja" ed evita i due ogni volta. Ben presto però viene attaccato da un gruppo di veri ninja, in sua protezione intervengono Kouichi e Kumohira, a loro volta veri shinobi. In questa situazione Miharu apprende dell'esistenza del mondo nascosto dei ninja, Nabari, e il ruolo del suo compagno di scuola e del suo professore in quel mondo, e dell'Arte segreta che è dentro il suo corpo, lo Shinrabanshō. Quest'arte, che consiste nella conoscenza di tutte le cose del mondo, è la più ambita nel mondo di Nabari. Sarà questo motivo a non permettere a Miharu di ritornare alla sua vita normale e costringerlo a trovare un ruolo nel mondo di Nabari per sopravvivere.