어느날 일반 진학교인 쿠누기가오카 중학교의 낙오자반이라 불리는 3학년 E반에 정부 사람들과 인간이 아닌 정체불명의 생물이 찾아온다. 마하20의 속도로 하늘을 날며, 상상을 초월한 공격력과 다양한 능력을 가진 이 생물은 다음해 3월까지 자신을 죽이지 않으면 지구를 파괴하겠다고 선언하고, 정부가 내건 성공보수 100억 엔을 위해 3학년 E반 학생들은 담임으로 부임한 이 생물을 암살하기로 결심한다,