도쿄 서부의 대부분을 차지하는 총인구 230만 명의 거대 도시. 이곳은 주민 중 8할이 초능력을 발현시키기 위한 특수한 수업을 받고 있는 학생이라 '학원도시'라 불린다. 능력에 따라 레벨이 나눠지는 이곳의 수많은 학생들 중 오직 7인 밖에 없는 '초능력자(레벨5)' 중 한명이자 학원도시 최강의 초능력자인 액셀러레이터는 라스트 오더를 구하면서 얻은 부상으로 뇌에 손상을 입고 입원 생활을 하고 있었다. 어느 날 밤, 액셀러레이터는 병원에 침입한 에스텔 로젠탈과 만나고, 그녀를 쫒는 안티 스킬로 무장한 조직 'DA'와 대치하게 된다. 강력한 능력으로 DA를 격파한 액셀러레이터는 DA가 시스터들을 이용하려는 음모를 꾸미는 것을 알게 된다.