듀얼을 가르치는 전원 기숙사제 고등학교 '듀얼 아카데미'. 유우키 쥬다이 그 곳의 입학시험을 보러 가는 학생 중 하나다. 그런 그가 전차의 고장으로 서둘러서 입학시험장으로 가던 중 전설의 듀얼리스트와 우연히 부딪친다. 부딪친 듀얼리스트는 럭키카드라면서 한 장의 카드를 건네준다. 결국 시험장에 아슬아슬하게 도착한 쥬다이는 시험장에 들어가는 건 성공하지만, 하지만 이미 실기시험 차례가 지나가서 응시 불가의 위험에 처한다. 그는 담당인 크로노스 교수에 사정하게 되는데........