Serial "Agenci NCIS" opowiada o grupie agentów, którzy mają za zadanie rozwiązywanie zagadek kryminalnych mających związek z Marynarką Wojenną i Korpusem Marines. Grupą dowodzi agent specjalny Leroy Jethro Gibbs, doświadczony i twardy były komandos. Pracuje wraz z byłym detektywem z wydziału zabójstw Tonym DiNozzo, specjalistką sądową Abby Sciuto i lekarzem sądowym Doktorem Mallardem. Do drużyny dołącza wkrótce Kate Todd, agentka Secret Service, a także nowicjusz Timothy McGee.