일찍이 인류는 갑자기 출현한 「검은 짐승(黑き獸)」과의 싸움을 피할 수 없게 되었다. 그 압도적인 힘에 의해 인류가 멸망하는 것도 시간문제라고 생각되고 있었다. 그때, 여섯 명의 영웅이 나타났다. 그들은 고대의 힘 「마법」을 인류에게 전해주고 사람들은 거기에 과학을 융합시켜, 만능의 힘 「술식」을 완성시켰다. 새로운 힘을 얻은 인류는, 여섯 명의 영웅과 함께 "검은 짐승"에게 반격을 개시했고, 격렬한 싸움 끝에, 마침내 검은 짐승을 타도했다.후에 이 싸움은「제1차 마도 대전」이라고 불려 그들 여섯 명은 「6 영웅」으로서 구전되는 존재가 되었다. 이 대전에서 술식을 행사하기 위해서 대량으로 제작된 「마도서」를 관리하는「세계 허공 정보 통제 기구(통제 기구)」라고 하는 조직이 결성되었다. 세계는 통제 기구에 의한 통치 아래, 인류는 새롭게 손에 넣은 힘을 이용해 모든 분야에서 급격한 발전을 이루었다. 그렇게 해서 부흥한 세계는, 대전 전과는 다르게 크게 양상을 바꾸고 있었다. A.D.2199 Dec한 해의 마무리, 거리는 신년에의 기대로 활기차 있었다. 그런 한창인 때 전 세계를 지배하고 있는 "세계 허공 정보 통제기구"에서"사신"이라는 통칭으로 불리며 세계 최강의 마도서인 블레이블루를 가진 "라그나 더 블러드 엣지"가제13계층 도시 "카구츠치"에 출현했다는 정보가 빠져나간다.그는 위험도 SS 급의 "통제기구 반역자"로 최고의 현상금이 걸려있다.그리고 그는 어떤 목적으로 제13 계층 도시인 "카쿠츠치" 로 향하게 된다. 그런 "라그나 더 블러드 엣지"에게 걸려있는 고액의 상금이나 그가 소유한 절대 무비의 힘을 가진 마도서를 노리고, 여러 사람들이 여기 제13계층 도시 "카구츠지"