작은 시골 마을에서 자란 단짝 친구 미캉과 호타루. 하지만 호타루가 전학을 가자 같이 있고 싶다는 마음만으로 미캉도 전학을 시도한다. 그러나 호타루가 들어간 곳은 앨리스라는 특수 능력이 있는 아이들만 들어갈 수 있는 재능 제일주의의 학원. 아직 뭔가 특별한 능력을 발휘하지 못한 미캉은 우여곡절 끝에 입학해서 호타루와 재회하지만 반의 보스 격인 나츠메와 격돌하고, 진노 선생님으로부터는 이 학교 입학 자격이 없다는 의미의 별 제로 판정을 받는 등 고달픈 나날이 계속된다. 그러던 중 위험하다고 알려진 북쪽 숲을 벗어나면 한 반으로 인정해주겠다는 나츠메의 제안에 응한 미캉. 숲에서 나츠메는 불꽃의 앨리스를 이용해 미캉을 공격해 위협하지만, 오히려 이런 절체절명의 위기 상황이 미캉의 무효화 앨리스가 각성하는 계기가 된다. 이 일을 계기로 정식 입학에 성공한 미캉. 그러나 한번 입학하면 외부와의 연락조차도 자유롭지 못한 엄격한 학교 생활로 답답함을 느끼기 시작한다. 그러던 중 나츠메 유괴 사건이 발생하는데...